支智敏 发表于 2025-5-31 23:54:40

ubantu安装proteinmnpp和alphafold2 --一些记录

本次操作参照github中大佬的的项目：https://github.com/nrbennet/dl_binder_design/tree/main
一、克隆本项目到本地
git clone https://github.com/nrbennet/dl_binder_design.git

[*]里面提到一个很重要的工具--pyrosetta。根据pyrosetta官网（https://www.pyrosetta.org/downloads#h.iwt5ktel05jc） 的提示，现在安装pyrosetta已经不再需要申请username和password，（非商业版，只需遵循非商业版的license就好了，见：https://github.com/RosettaCommons/rosetta/blob/main/LICENSE.PyRosetta.md）
二、安装ProteinMPNN

[*]cd dl_binder_design/include
[*]Run conda env create -f proteinmpnn_fastrelax.yml
[*]激活环境：conda activate proteinmpnn_binder_design
[*]进行测试：python importtests/proteinmpnn_importtest.py
4.1 此时第一次报错：ImportError: /home/ken/miniconda3/envs/proteinmpnn_binder_design/lib/python3.11/site-packages/torch/lib/libtorch_cpu.so: undefined symbol: iJIT_NotifyEvent
原因：torch不匹配。，目前版本2.0.1，
解决方法：先pip uninstall torch,在执行pip install torch==2.0.1+cpu -f https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html
测试通过：显示This environment passes all import tests
三、安装AlphaFold2

[*]创建一个新的虚拟环境：conda env create -f af2_binder_design.yml
[*]激活环境：conda activate af2_binder_design
注 此时我的安装实际上出了问题，见创建环境时的报错：CondaEnvException: Pip failed，后面发现yml文件中国pip里的安装都没有成功，于是挨个安装，用的这个命令conda install XXX ----solver=classic
[*]想着先跳了这步，继续部署proteinmnpp，结果后面虚拟机内存满了，GG。


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余思洁 发表于 2025-10-13 14:51:30

谢谢楼主提供！

剽达崖 发表于 2025-10-17 20:13:55

感谢分享，下载保存了，貌似很强大

客臂渐 发表于 2025-10-17 20:34:44

新版吗？好像是停更了吧。

钿稳铆 发表于 2025-10-23 17:33:03

这个有用。

勺缓曜 发表于 2025-10-25 06:00:53

谢谢分享，试用一下

挺喽蹂 发表于 2025-12-13 11:24:07

yyds。多谢分享

汹萃热 发表于 2025-12-15 16:16:03

用心讨论，共获提升！

琶轮 发表于 2026-1-1 02:22:10

谢谢分享，辛苦了

尚腱埂 发表于 2026-1-16 21:20:02

感谢分享，下载保存了，貌似很强大

杆树 发表于 2026-1-17 08:34:14

热心回复！

缀访 发表于 2026-1-18 09:36:13

懂技术并乐意极积无私分享的人越来越少。珍惜

杠氯 发表于 2026-1-21 12:53:38

分享、互助 让互联网精神温暖你我

恙髡 发表于 2026-1-23 02:34:57

这个有用。

聚怪闩 发表于 2026-1-23 07:43:49

感谢分享，下载保存了，貌似很强大

卒挪 发表于 2026-1-30 06:49:08

前排留名，哈哈哈

禄磊 发表于 2026-2-4 06:27:03

懂技术并乐意极积无私分享的人越来越少。珍惜

铵滔 发表于 2026-2-5 07:42:53

鼓励转贴优秀软件安全工具和文档！

庞悦 发表于 2026-2-5 09:22:48

这个好，看起来很实用

盗衍 发表于 2026-2-7 08:30:56

前排留名，哈哈哈
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